En ENAC, la participación de las partes interesadas en el establecimiento de sus políticas viene garantizada por el sistema de elección de miembros de la Junta Directiva establecido en sus estatutos.

• Asamblea General: pueden ser miembros todos aquellos que tienen intereses en los distintos aspectos de la acreditación; esto eso, evaluadores de la conformidad, representantes de las administraciones estatal y autonómicas, empresas y asociaciones empresariales usuarias de los servicios de evaluación de la conformidad.
• Junta Directiva: es elegida por la Asamblea General de entre sus miembros, de forma que estén representadas, de manera equilibrada, todas las partes interesadas en los procesos de acreditación. Es el órgano delegado permanente de la Asamblea y, como tal, le corresponde la supervisión y el control de las actividades de ENAC. 
• Comité Permanente: es el órgano permanente de dirección delegado de la Junta Directiva, cuyos miembros son designados por ésta. Confecciona presupuestos, planes de trabajo, memorias, cuentas, y supervisa la actuación de los órganos técnicos. 
• Presidente: designado por la Administración, ostentando, actualmente, dicho cargo D. José Manuel Prieto, Subdirector General de Calidad y Seguridad Industrial del Ministerio de Industria y Turismo.